Parteifreie Wählergemeinschaften betätigen sich in Bayern seit Jahrzehnten höchst erfolgreich in der Kommunalpolitik. Rund 40 Prozent aller Gemeinde- und Stadträte sind parteifrei. Jeder dritte Bürgermeister ist ein "Freier". Die Hälfte davon ist unmittelbar beim Landesverband Bayern der freien und unabhängigen Wählergemeinschaften organisiert, ein zusätzlicher großer Teil über die FW-Kreisverbände.

1978 wurde der Landesverband Bayern der freien und unabhängigen Wählergemeinschaften als Dachverband gegründet. Der Landesverband hat als Mitglieder nur Orts- und Kreisverbände, keine natürlichen Personen. Mitglieder des Landesverbandes sind gegenwärtig knapp 900 Orts- und Kreisverbände, bei denen über 30.000 Freie Wähler organisiert sind. Vorsitzender des FW-Landesverbandes ist seit der Gründung 1978 Armin Grein.

Nach der Entscheidung der Freien Wähler, sich an der bayerischen Landtagswahl 1998 zu beteiligen, wurde 1997 die Wählergruppe "FW FREIE WÄHLER Bayern e.V." gegründet. Im Gegensatz zum Landesverband gehören ihr nur natürliche Personen als Mitglieder an. Dies entspricht einer Vorschrift des bayerischen Landeswahlgesetzes, wonach an der bayerischen Landtagswahl nur Parteien oder Wählergemeinschaften antreten dürfen, die als Mitglieder natürliche Personen führen. Die Mitgliederzahl der Wählergruppe liegt zur Zeit bei 4.500. Vorsitzender der Wählergruppe ist der Bürgermeister von Hiltpoltstein, Johann Deuerlein.

Bei der Landtagswahl 1998 erreichten die Freien Wähler 3,7 Prozent und wurden damit hinter CSU, SPD und GRÜNEN die viertstärkste landespolitische Kraft in Bayern. Der Einzug in den bayerischen Landtag blieb den Freien Wählern jedoch wegen des Scheiterns an der Fünf-Prozent-Hürde verwehrt.

In einer Urabstimmung im Dezember 1999 wurden die über 30.000 Mitglieder der im Landesverband organisierten Orts- und Kreisverbände befragt, ob die Freien Wähler auch bei der nächsten bayerischen Landtagswahl im Jahr 2003 antreten sollen. Von den rund 14.000 Freien Wählern, die sich an der Urabstimmung beteiligten, sprachen sich knapp 60 Prozent für ein erneutes Antreten aus.

Die Vorsitzenden des Landesverbandes sind:

Armin Grein (Landesvorsitzender), Eva Gottstein (zweite Landesvorsitzende) und Johann Fleschhut (dritter Landesvorsitzender).

Die Vorsitzenden der Wählergruppe sind:

Johann Deuerlein (Vorsitzender), Armin Grein (zweiter Vorsitzender) und Johann Fleschhut (dritter Vorsitzender).